2つの日常が交差するとき、世界に新たなる非日常が生まれる―都立ツツジ台高校。放課後の教室で、響裕太はグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始める。