网络系统发达都市Den City，那里由大企业SOL技术公司创造的高度网络技术构筑出被称为Link VRAINS的VR空间，人们为那VR空间中全新的决斗体验而狂热。Link VRAINS出现了通过决斗发起网络入侵的神秘黑客集团汉诺骑士。他们的目标就是使据说存在于网络某处的属于AI们的世界 = 电子界走向灭亡。可是跟那场Link VRAINS面临的威胁进行对抗的还有1名决斗者。他的名字是“Playmaker”。以压倒性的决斗击倒汉诺骑士并一句话也不说就离去后，他的名字就此在网络世界一举成名。那位“Playmaker”的真正身份高中生藤木游作为了调查过去发生的事件真相，追踪着在Link VRAINS出没的汉诺骑士。就在日日夜夜跟汉诺骑士展开的激斗之中，游作成功地捕获了SOL技术公司和汉诺骑士都在追寻的神秘AI程序。同时以此事为契机，命运的齿轮开始了大幅度转动……神秘AI的真面目。盯上电子界的汉诺骑士的真意。以及游作的过去所隐藏的真相——全部的答案，就在Link VRAINS之中。