自和黑暗帝国一战后，本应已死的小兔、亚美、小丽、真琴、美奈子和小卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人艾伦和艾欣带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。艾伦和艾欣的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四出收集能量。艾伦和艾欣本是情侣，但却分别爱上小兔和小卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔不敌卡魔人，露娜被逼得恢复了内部四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但小卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔她们分别受到激发，获得了更强的新力量。魔界树快要枯死了，艾欣发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，内部战士也来到，要救小兔和小卫。小兔和小卫互相关心对方，艾伦和艾欣妒忌他们的亲密，攻击二人，小卫勇救小兔，艾伦感动，开始醒悟。月影骑士来到，魔界树攻击所有人，艾欣为救艾伦受重伤。魔界树说出它的故事，并请水手月亮帮它净化。月影骑士自揭身份，他竟然是……　　神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。内部战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和内部四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司劳柏活士对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，小卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和小卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦依鲁迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗小姐。黑月帝国的王族狄文王子和沙菲尔王子被瓦依鲁杀死，瓦依鲁的野心完全暴露出来。在瓦依鲁的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦依鲁见她动摇，把她和小兔、小卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟……